A FATRES desenvolve sua ação político-pedagógica através das seguintes secretarias:
- Formação e Política, Qualificação profissional e Educacional;
- Política Agrícola, Agrária e Meio Ambiente;
- Políticas Sociais e Valorização da Menor Idade;
- Políticas para as Mulheres;
- Políticas para a Juventude;
O conjunto destas secretarias atua em duas perspectivas que se complementam: de um lado todas as secretarias e cada uma delas desenvolve estratégias e ações que buscam, caracterizam e valorizam a convivência com o Semiárido como estratégia básica de viver e ser feliz no sertão e, de outro, todas buscam, a partir de seus vieses, interferir em Políticas Públicas através das quais se consolidam estratégias de convivência com o semiárido, numa perspectiva agroecológica. O conjunto destas secretarias atua, por sua vez, buscando construir, participativamente com interferência ativa da Sociedade Civil Organizada e do Poder Público, o desenvolvimento territorial e sustentável no semiárido.