A FATRES tem quatro sedes, distribuída entre os Territórios do Sisal (Valente-central), Bacia do Jacuípe (Capela do Alto Alegre), Portal do Sertão (Feira de Santana) e Semiárido Nordeste II (Ribeira do Pombal). Atualmente sua atuação abrange diretamente 48 municípios.
